，宣武帝起初并不相信。元勰推荐他的舅舅潘僧固担任长乐太守，京兆王元愉反叛时，胁迫潘僧固与他一同叛乱，高肇趁机诬陷元勰，说他在北边与元愉勾结，在南边招引蛮人叛乱。彭城王府郎中令魏偃、前防阁高祖珍希望得到高肇的提拔，便编造证据证实此事。高肇让侍中元晖将此事上奏，元晖不肯；高肇又让左卫将军元珍去说。宣武帝询问元晖，元晖明确表示元勰没有叛乱；宣武帝又询问高肇，高肇让魏偃、高祖珍出来作证，宣武帝这才相信。戊戌日，宣武帝召元勰以及高阳王元雍、广阳王元嘉、清河王元怿、广平王元怀、高肇一同入宫赴宴。元勰的妃子李氏正在生产，元勰坚决推辞不去。宫中使者接连征召，元勰不得已，与妃子诀别后上车，进入东掖门，路过一座小桥时，拉车的牛不肯前进，士兵打了牛很久，又有使者来责备元勰来晚了，于是卸去牛，由人挽着车子前进。众人在宫中宴饮，直到深夜，都喝醉了，各自到不同的房间休息。不久，元珍带领武士捧着毒酒来到元勰的住处，元勰说：“我没有罪，希望能再见皇上一面，死也没有遗憾！” 元珍说：“皇上怎么还能再见你！” 元勰说：“皇上圣明，不应该无缘无故杀我，请求让我与诬告我的人当面对质！” 武士用刀柄击打元勰，元勰大声喊道：“冤枉啊，苍天！我忠心耿耿却被杀死！” 武士又击打他，元勰只好喝下毒酒，武士随即上前将他杀死。第二天清晨，用褥子裹着元勰的尸体送回他的府第，对外宣称元勰因醉酒而去世。李妃痛哭着大喊：“高肇枉法杀人，天道有灵，你怎能好死！” 宣武帝在东堂为元勰举哀，追赠的官职和葬礼规格都超越常规，极为优厚。朝廷中无论地位高低，无不感到沮丧。路上的男女百姓都流着泪说：“高令公枉杀贤王！” 从此朝廷内外对高肇的憎恶更深了。

京兆王元愉无法守住信都，癸卯日，他放火烧了城门，带着李氏和四个儿子，率领一百多名骑兵突围逃走。李平进入信都，斩杀元愉任命的冀州牧韦超等人，派遣统军叔孙头追击，活捉元愉，关押在信都，并将情况上报朝廷。文武百官请求处死元愉，宣武帝不许，下令将他锁送洛阳，打算用家族伦理来训诫他。元愉走到野王县时，高肇暗中派人将他杀死。元愉的几个儿子抵达洛阳后，宣武帝都赦免了他们。

宣武帝打算处死李氏，中书令崔光劝谏说：“李氏正怀着身孕，处死她会连带杀死胎儿，这是夏桀、商纣才会做的事，残酷且不合律法。请求等她生下孩子后再行刑。” 宣武帝采纳了崔光的建议。

李平逮捕了元愉的残余党羽一千多人，准备全部处死，录事参军高颢说：“这些人都是被胁迫跟随叛乱的，之前已经答应赦免他们了，应当上奏朝廷说明情况。” 李平听从了高颢的建议，这些人都得以幸免一死。高颢是高佑的孙子。

济州刺史高植率领州军进攻元愉，立下战功，应当受封，高植却推辞说：“我家蒙受国家重恩，为国家效力是应尽的本分，怎敢求取封赏！” 高植是高肇的儿子。

北魏加授李平散骑常侍。高肇和中尉王显一向憎恶李平，王显上奏弹劾李平在冀州时隐瞒截留官户（由官府管辖的人口），高肇则上奏请求罢免李平的官职。

起初，在北魏显祖献文帝时期，柔然有一万多户人家归降北魏，被安置在高平镇、薄骨律镇。到太和末年，这些柔然人几乎全部叛逃，只剩下一千多户。太中大夫王通请求将这一千多户迁移到淮河以北，以杜绝他们再次叛逃，北魏宣武帝下诏让太仆卿杨椿持符节前往迁移他们。杨椿上奏说：“前朝将他们安置在边境，是为了招抚异族，并且区分汉族与少数民族。现在新归附的异族人口很多，如果把旧有的柔然户迁走，新归附的人一定会不安，这是逼迫他们叛逃啊。况且这些人穿兽皮、吃肉类，喜欢冬天、适应寒冷；南方气候湿热，他们迁过去一定会全部病死。这样做，既会失去异族归附的人心，又会失去边境的防卫助力，把他们安置在中原地区，还可能引发后患，不是好计策。” 宣武帝不听，最终还是把这些柔然人迁到了济州，让他们沿黄河居住。到京兆王元愉叛乱时，这些柔然人都乘船沿黄河赶赴元愉那里，沿途劫掠，正如杨椿所预料的那样。

庚子日，北魏郢州司马彭珍等人叛魏，暗中引来南梁军队直奔义阳，南梁三关的戍守将领侯登等人献出城池归降。北魏郢州刺史娄悦环城坚守，北魏任命中山王元英为都督南征诸军事，率领三万步兵、骑兵从汝南出兵救援郢州。

冬季十月，北魏悬瓠军主白早生杀死豫州刺史司马悦，自称平北将军，向梁司州刺史马仙琕求援。当时荆