划，何无忌说：“刘裕。” 母亲更加高兴，于是向他分析桓玄必定失败、起兵必定成功的道理，鼓励他。

乙卯日（二月二十七），刘裕借口打猎，和何无忌聚集部众，共得一百多人。丙辰日（二十八日）清晨，京口城门打开，何无忌穿着传达诏令的官服，自称是皇帝的使者，走在前面，部众跟在后面一起进城，当即斩杀桓修，并将他的尸体示众。桓修的司马刁弘率领文武属官赶来救援，刘裕登上城墙对他们说：“江州刺史郭昶之已经在寻阳拥戴陛下复位，我们都奉了秘密诏书，诛杀叛逆党羽，如今逆贼桓玄的头颅应当已经挂在朱雀航（大航）上示众了。各位难道不是大晋的臣子吗？现在赶来想做什么？” 刁弘等人相信了他的话，收兵撤退。

刘裕问何无忌：“现在急需一名府中主簿，去哪里找呢？” 何无忌说：“没人比刘道民更合适。” 刘道民，就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。” 立即派人骑马送信去征召他。当时刘穆之听到京口传来喧哗声，一早就起身，走到街头，恰好和刘裕派来的使者相遇。刘穆之盯着使者看了很久，一言不发，随后回到家中，把粗布衣裳改缝成裤子，前去拜见刘裕。刘裕说：“我们刚发起大义之举，正处在艰难时刻，急需一名军吏，您觉得谁能胜任？” 刘穆之说：“您的府署刚刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。” 刘裕笑着说：“您能屈就，我的大事就成了。” 当即在座位上任命刘穆之为主簿。

孟昶劝说桓弘在当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门，让打猎的人出城；孟昶和刘毅、刘道规率领几十名壮士径直闯入府中，当时桓弘正在喝粥，当即被斩杀。他们趁机收编桓弘的部众，渡过长江。刘裕派刘毅诛杀了刁弘。

在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康，把起兵计划告诉刘迈，刘迈虽然口头答应，内心却非常惶恐。周安穆担心事情泄露，就骑马返回京口。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想尽快去赴任。当天夜里，桓玄写信给刘迈说：“北府军的人心怎么样？你最近见到刘裕，他说了些什么？” 刘迈以为桓玄已经知道了密谋，一早就去报告桓玄。桓玄大为震惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈没有抓住周安穆，让他逃走，于是杀了刘迈，又把王元德、辛扈兴、童厚之等人全部处死。

众人推举刘裕为盟主，总管徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城人中前来应募的人，刘裕全部交给郡主簿刘钟统领。丁巳日（二月二十九日），刘裕率领徐、兖二州的部众一千七百人，在竹里（今江苏南京江宁北）驻军，向远近地区发布檄文，宣称 “益州刺史毛璩已经平定荆楚，江州刺史郭昶之在寻阳拥戴陛下复位，镇北参军王元德等人已率领部众占据石头城，扬武将军诸葛长尼已占据历阳”。

桓玄迁回皇宫，召集侍从官员都住进宫中官署；加授扬州刺史、新安王桓谦为征讨都督，任命殷仲文代替桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求立即派兵攻打刘裕，桓玄说：“刘裕的军队锐气很盛，抱着必死的决心作战，如果我们有差错，他们就会士气大振，而我的大事就完了；不如把大军驻扎在覆舟山（今江苏南京玄武区）等待他们。刘裕的军队空跑二百里，一无所得，锐气已经受挫，突然见到我们的大军，一定会惊慌失措；我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交战，他们求战不得，自然会溃散，这是上策。” 桓谦等人坚持请求进攻，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上迎击。桓玄内心特别担忧恐惧，有人说：“刘裕等人是乌合之众，兵力薄弱，肯定成不了事，陛下何必如此深忧！” 桓玄说：“刘裕足以成为一代枭雄，刘毅家里连一石粮食的储备都没有，却敢在赌博时一掷百万，何无忌酷似他的舅舅刘牢之；他们共同起兵，怎么能说成不了事！”

南凉王秃发傉檀畏惧后秦的强大，于是去掉年号，撤销尚书丞、尚书郎等官职，派参军关尚出使后秦。后秦王姚兴说：“您（秃发傉檀曾任车骑将军）向我称臣纳贡，却擅自兴兵修筑大城，这难道是臣子该有的做法吗？” 关尚说：“王公修筑险要工事来守卫自己的国家，是先王定下的制度。车骑将军地处偏远的藩镇，靠近强大的敌人，修筑城池是为国家加固边防，没想到陛下竟然对此产生疑虑。” 姚兴认为他说得对。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没有答应。

当初，袁真杀了朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰挖开袁真的坟墓，鞭笞袁真的尸体。桓温大怒，想杀了朱绰，桓冲求情，朱绰才